私は今までこれで出金してもらえたことはありません。管轄が違うのでまずは営業に言え、ということのようです。というわけで担当者に依頼して下さい。
不足分を入金してくれといわれましたが、納得がいきません。
約諾書を交わした以上、商慣習にしたがって入金するのが筋、とは思いますが、どうしても納得できないのであればまずは担当者と話し合ってみる必要があるでしょう。
その先の、たとえば裁判などを考えている場合、入金した方がよいのか入金しない方が有利なのかについては私は知識がありません。専門家と話し合ってください。